【期刊信息】

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刊名:植物遗传资源学报
曾用名:植物遗传资源科学
主办:中国农业科学院作物科学研究所;中国农学会
主管:中华人民共和国农业部
ISSN:1672-1810
CN:11-4996/S
语言:中文
周期:双月
影响因子:1.434084
被引频次:35739
数据库收录:
中文核心期刊(2017);CA化学文摘(2013);CSCD中国科学引文库(2019-2020);统计源期刊(2018);期刊分类:农业

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云南农大携手中科院植物研究所 建成我国首个葡

来源:植物遗传资源学报 【在线投稿】 栏目:综合新闻 时间:2020-10-29

作者:网站采编

关键词:

【摘要】27日,记者从云南农业大学获悉,该校与中国科学院植物研究所合作,构建了全球最大型葡萄属植物基因组学数据库。这也是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库。 葡萄是世界上最古

27日,记者从云南农业大学获悉,该校与中国科学院植物研究所合作,构建了全球最大型葡萄属植物基因组学数据库。这也是我国葡萄遗传资源的首个原创性数据库。

葡萄是世界上最古老的果树树种之一,是葡萄属中栽培最多的水果作物,该属还含有约60种可育的野生种。在世界温带地区的原生栖息地中,北美约有28种野生葡萄品种,东亚约有30种野生葡萄种类。尽管葡萄栽培在人类历史中具有重要的文化意涵及经济价值,但大规模基因组遗传变异数据的缺乏导致无法解析其驯化传播历史,也严重阻碍了葡萄的性状改良。

随着全球越来越多葡萄属植物基因组的陆续解析,及相关重测序、转录调控等高通量数据的积累,研究人员迫切需要一个能够整合基因组、遗传变异数据、转录组和表型组等多层次数据的比较工具,对葡萄属的特定生物学特征或基因家族的基因序列、结构等进行比较分析。为此,云南农业大学董扬教授、盛军教授,与中科院植物研究所李绍华教授共同合作,构建了首个葡萄属植物基因组学网站-VitisGDB。

截至目前,VitisGDB共收录了葡萄属7个物种共22个基因组组装结果;收录并处理了包括1641个重测序数据以及相应的表型信息;预测鉴定出9395万个单核苷酸变异位点以及9.7万个基因共线性关系。通过整合多种可视化组件与基因组在线比较工具,该数据库将不同类型的数据有机整合到了一起,为用户提供了友好的数据检索、下载和在线分析服务。(记者 杨质高)



文章来源:《植物遗传资源学报》 网址: http://www.zwyczyxbzz.cn/zonghexinwen/2020/1029/409.html


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